生物信息学_生物信息学第五章
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刚刚接触生物信息的时候，大家都比较迷茫，我觉得它是一个交叉学科，要想学好得有一定的毅力。我的导师要求我至少作到以下几个方面：
1，数学基础要好点。线代，高数，统计等。
2，计算机知识。windows ,linux, unix系统等，各种常用生物软件的使用。可以自己找来一个个试。
3，matlab 里面有的关于生物方面的工具包也很多的。
4，生物知识，不用说的。
其他： 如果要深入的话，最好会编程。什么java，perl，等。我是刚开始学。大家多指教。
导师推荐了好几本书：
《生物信息学概论》 “Introduction to bioinformatics”(英)T K Attwood , D J Parry-Smith 著罗静初 等译北京大学出版社 2002年4月第一版本书从生物信息学的研究对象、意义出发，介绍生物信息学研究的基本方法和常用工具。主要介绍的是核酸和蛋白质序列的计算机分析方法，探讨利用现有的计算机程序，从现有的数据库中能够获取什么、不能够获取什么。全书共分十章：1.概论，2.信息网络，3.蛋白质信息资源，4.基因组信息资源，5.DNA序列分析，6.双序列比对，7.多序列比对，8.二次数据库搜索，9.数据库搜索实例，10.序列分析软件包。每章末尾均提供了进一步阅读指南和有关的网址。这本书的一大特色在于丰富的例子和图表，使读者可以很直观的了解和掌握书中的内容。此外，书的末尾还附有与生物信息学相关的词汇表。总的说来，这本书实用性强，可以作为高等院校生物信息学教材，也可以作为生命科学和生物技术各领域分子生物学研究和开发工作者的生物信息学参考书。
《生物信息学手册》郝柏林 张淑誉 编著上海科学技术出版社 2000年10月第一版一本手册式的生物信息学书籍。除了介绍了生物信息学，还包括了计算机及计算机网络（这一部分提供了一些网址）和分子生物学的知识。更为重要的是，该书的主要部分?quot;生物信息数据库“和”服务、软件和算法“部分，提供了大量的网址。几乎是每一个条目下面都有不少网址。这本书将网络上的生物信息学资源进行了索引式的介绍，并作了必要的说明。书中列举了近千条网址和引文，基本涵盖了生物学研究的各个方面，堪称生物信息的汪洋大海中的导航图。对生物信息学的服务、软件和算法，本书也作了较全面的描述。本书可供广大生命科学工作者以及由物理学、数学和计算机学转入生命科学领域的研究教学人员参阅（上面可以查到很多网址）。
《生物信息学》赵国屏 等 编著科学出版社 2002年4月 第一版本书是”863“生物高科技丛书之一。它比较全面地介绍了生物信息学的若干个主要分支，并特别介绍了与人类基因组研究
相关的生物信息学的一些较新成果；着重介绍了数据库和数据库的查询、序列的同源比较及其在生物进化研究中的应用；以生物芯片中的生物信息学问题为例，介绍与基因表达相关的生物信息学问题；还介绍了蛋白质结构研究中的生物信息学问题，以及与分子设计和药物设计相关的生物信息学技术。本书可供生物信息学专业和生命科学相关专业的本科生、研究生和教学科研人员阅读学习，也可供相关专业的科技和应用机构的科研、管理和决策人员参考。注意，本书有很大篇幅是讲基因芯片和蛋白质结构预测的。
《生物信息学--基因和蛋白质分析的实用指南》 ”Bioinformatics--A
Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins “Andreas D.Baxevanis B.F.Francis Ouellette 著李衍达 孙之荣 等 译清华大学出版社 2000年8月 第一版这本书由前卫计算生物学家撰写，贯穿了已有的工具和数据库，包括应用软件、因特网资源、向数据库提交DNA序列以及进行序列分析和利用核酸序列与蛋白质序列进行预测的的方法。以下是该书的目录：1.因特网与生物学家，2.GeneBank序列数据库，3.结构数据库，4.应用GCG进行序列分析，5.生物数据库的信息检索，6.NCBI数据模型，7.序列比对和数据库搜索，8.多序列比对和实际应用，9.系统发育分析，10.利用核酸序列的预测方法，11.利用蛋白质序列的预测方法，12.鼠类和人类公用物理图谱数据库漫游，13.ACEDB: 基因组信息数据库，14.提交DNA序列数据库。本书有很多实际的序列和序列分析的例子。这本书适合高等院校的师生和从事生物工程研究的科技工作者阅读。
在第14章提及的通讯资源：互联网和通信地址；电话和传真号码
DDBJ/EMBL和GenBank的一般联系信息以及提交DNA序列到这些数据库的入口。
DDBJ（信息生物学中心，NIG）
地址：DDBJ，1111 Yata，Mishima，Shiznoka 411，Japan
传真：81-559-81-6849
提交： ddbjsub@ddbj.nig.ac.jp
更新： ddbjupd@ddbj.nig.ac.jp
信息： ddbj@ddbj.nig.ac.jp
互联网
主页：
WebIn：
GenBank（国家生物技术信息中心，NIH）
地址：Gen Bank National Center for Biotechnology Information, Nationtional Library of Medicine, National Institutes of Health, Building 38A, Room 8N805, Bethesda MD 20894
电话：301-496-2475
传真：301-480-9241
提交： gb-sub@ncbi.nlm.nih.gov
EST/GSS/STS batch-sub@ncbi.nlm.nih.gov
更新： update@ncbi.nlm.nih.gov
信息： datalib@ebi.ac.uk
互联网
主页：
BankIt:
在DNA序列数据库中使用的遗传密码：
DDBJ/EMBL/GenBank特征表文档可用WWW方式获得或者从EBI或NCBI的FTP服务器上得到PostScript文件。ftp://ncbi.nlm.nih.gov/genbank/docs/ ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/embl/doc/
EMBL和GenBank数据库的版本信息
EMBL ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/embl/release/relnotes.doc
GenBank ftp://ncbi.nlm.nih.gov/genbank/gbrel.txt
Sequin: DNA序列数据库的提交和更新工具 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin
EST, STS和GTS主页，获取信息和向这些特定GenBank数据库提交序列
EST http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST
STS http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbSTS
GSS http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbGSS
HTGS主页：高吞吐量基因组序列资源，工具和信息 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/HTGS
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