蛋白质组技术平台举例_蛋白质组学技术有哪些
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蛋白质组技术平台举例
北京蛋白质组研究中心功能蛋白质组研究技术平台是国际人类肝脏蛋白质组计划（HLPP）表达谱和修饰谱项目的实施平台之一，目前拥有国际先进的蛋白质分离、鉴定系统，配以MALDI-TOF-MS、MALDI-TOF-TOF-MS、ESI-Q-TOF-MS、ESI-Ion Trap-MS等大型质谱设备以及超级计算机检索系统，形成了高通量、高灵敏度、高分辨率和规模化的蛋白质组研究技术平台，结合相应的标记技术（DIGE、ITRAQ、SILAC等）和富集技术（IMAC等），平行构建了差异蛋白质以及修饰蛋白质的鉴定技术，目前已经开展重大疾病，尤其是肝脏疾病和肿瘤相关的蛋白质组研究，为下一步重要药物靶标的发现奠定了基础。平台现可承接一些单项的蛋白质组学技术服务, 同时平台也开展规模化、高通量的蛋白质组学委托科研服务。服务项目包括样本制备、双向电泳、图像分析、胶内酶切、蛋白质鉴定、数据库查询与结果分析、免疫印迹及磷酸化蛋白质检测。
一、样品制备技术
1.适于双向电泳的蛋白质提取及定量；
2.亚细胞器提取及纯度评价（质膜、线粒体、内质网、细胞核、胞浆）；
3.Beckman公司 Optima™ L-80 XP超速离心机；
4.Beckman公司 Avanti™ J-25高速离心机。
二、电泳及电转系统
1．BIO-RAD公司PROTEAN IEF Cell等电聚焦仪；
2．BIO-RAD公司PROTEAN II xi Cell电泳槽；
3．BIO-RAD公司Mini-PROTEAN 3 Electrophoresis Module/Mini Trans-Blot Module；
4．Amersham pharmcia Biotech公司IPGphor等电聚焦仪；
5．Amersham pharmcia Biotech公司Ettan DALT II System；
6．Amersham pharmcia Biotech公司Hoefet miniVE electrophoresis and electrotransfer
Unit；
7．图像分析软件BIO-RAD公司 PDQuest™ 2-D analysis software version:7.11；
8．图像分析软件Amersham pharmcia Biotech公司Image Master™ 2D version:5.0；
9．自动切胶酶解系统为BIO-RAD公司Spot Cutter；WATERS公司 MaPrep；
10．Amersham pharmcia Biotech公司Spot Handling Workstation。
三、蛋白质组学中的核心质谱技术
基质辅助激光解析电离飞行时间质谱MALDI-TOF-MS可测定生物大分子的分子量高达600KDa。通过肽质量指纹谱（PMF）和肽序列标签（PST）技术可高灵敏度、高通量、快速鉴定蛋白质，是蛋白质组学研究必不可少的生物质谱，也是临床蛋白质组学首选的技术。还可分析寡核苷酸序列、多糖结构、聚合物分子量分布、特殊合成化学品等。
美国ABI公司MALDI-TOF/TOF质谱仪 能从一个样品PMF图谱中选择几个肽离子进行片断化和MS/MS分析,而且分析可在数秒或数十秒内完成。该仪器是目前进行高通量蛋白质组分析非常理想的仪器。
电喷雾四极杆飞行时间串联质谱仪ESI-Q-TOF-MS自动化LC-MS/MS肽段测序功能，是多肽组学研究的重要技术。样品用量少，仅fmol样品就可测序（如电泳胶）。
离子阱串联质谱仪ESI-Ion Trap-MS 中心具有两台离子肼串联质谱，高通量LC-MS/MS肽段测序功能，为SHOTUGUN技术首选串联质谱。
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